Zdaje się program Discover Care robi to za Ciebie, ale w nim aktualizacje pojawiają się z opóźnieniem. Osobiście nigdy go nie używałem.
Zwykle te pliki ukryte tworzone są w katalogu głównym karty/pendrive, lub w podkatalogach które odwiedziłeś.
Za dużo moim zdaniem kombinujesz, najprostsza metoda to sformatować nośnik, rozpakować tak jak to zrobiłeś archiwum do głównego katalogu nośnika, usunąć ekstra pliki z głównego (zwykle ich nie ma bo pojawiają się po jakimś czasie) i do auta sprawdzać czy działa.